أرست الجامعة العربية الأمريكية أسس الدراسات العليا عبر إنشاء كلية الدراسات العليا بنظامها وتعليماتها الخاصة لتشكل مع الدرجة الجامعية الأولى الهيكل العلمي والأكاديمي الصلب للجامعة العربية الأمريكية، بقسميها: قسم العلوم الطبيعية والتطبيقية، وقسم العلوم الإنسانية والإدارية.