يمنح قسم الرياضيات درجة الماجستير في الرياضيات التطبيقية، لما لهذا الفرع من أهمية في عدة مجالات منها التكنولوجيا، والهندسة، وفروع العلوم الأخرى. تتكون الرياضيات التطبيقية بشكل رئيسي من المعادلات التفاضلية، والاحتمالات التطبيقية، والتحليل التطبيقي. يهدف برنامج الماجستير إلى تمكين حملة شهادة البكالوريوس في الرياضيات وبعض الفروع العلمية الأخرى من اكمال دراستهم، ورفد سوق العمل الفلسطيني بكوادر متخصصة في مجال الرياضيات التطبيقية.
ومن الجدير ذكره أن لدى القسم مختبر حاسوب حديثاً مجهزا بشكل جيد، وهو خاص لطلبة الدراسات العليا في الدائرة، حيث يتوافر فيه العديد من برامج الحاسوب الرياضية والإحصائية، والعديد من لغات البرمجة.
يستطيع خريجو تخصص الرياضيات التطبيقية العمل في مجالات عديدة منها التدريس ، الشركات، المصانع، الأبحاث وغيرها من المجالات.