تقدم كلية الهندسة وتكنولوجيا المعلومات برنامجاً دراسياً يمنح درجة الماجستير في علم الحاسوب. ويهدف إلى تطوير البحث العلمي باستخدام طرق واساليب حديثة. كما يساهم في تطوير تكنولوجيا المعلومات في القطاع العام والخاص في فلسطين من خلال كفاءات علمية مؤهلة ذات مهارات تقنية وبحثية عالية في مجال علم الحاسوب وتطبيقه.
يقدم قسم علم الحاسوب درجتي ماجستير مختلفتين الماجستير المهني والماجستير البحثي. المنتج الرئيسي الذي يتم تطويره في قطاع تكنولوجيا المعلومات الفلسطيني هي نظم المعلومات. وتوفر برامج الماجستير الحالية برنامجا عاما دون أي مستوى عال من التخصص، والماجستير في علم الحاسوب ونظم المعلومات مجال من شأنه إضافة قيمة إلى السوق الفلسطيني عبر تقديم برامج تعليمية فريدة تتبع أساليب جديدة في تعليم طلاب الدراسات العليا وتدريبهم. بات هنالك طلب الشركات الصناعية والقطاع العام كبيرا لهذا التخصص.