أنشئ قسم علم الحاسوب منذ تأسيس الجامعة العربية الأمريكية في عام 2000 بالتعاون مع جامعة ولاية كاليفورنيا في ستانسلوس. ويعد القسم في الوقت الحاضر من الأقسام العلمية المميزة في كلية الهندسة وتكنولوجياالمعلومات حيث ساهم القسم بشكل ملحوظ في إثراء مكانة الجامعة محلياً وعربياً ودولياً بتخريج أفواجاً من طلبة القسم والذين شغلوا مناصب متعددة.
أما على صعيد الكادر الأكاديمي التابع للقسم،فإنالقسم يمتلك مجموعة من أعضاء الهيئة التدريسية ذوي خبرة تدريسية وبحثية علمية وعملية عالية. ومن الجدير بالذكر بأن القسم يوفر فرصة الحصول على درجة الماجستير في علم الحاسوب ويهدف إلى تطوير البحث العلمي باستخدام طرق وأساليب حديثة. كما يساهم في تطوير تكنولوجيا المعلومات في القطاع العام والخاص في فلسطين من خلال كفاءات علمية ذات مهارات تقنية وبحثية عالية في مجال علم الحاسوب وتطبيقاته.ويوفرقسم الحاسوب الحصول على درجة الدكتوراه في علم الحاسوب بالمشاركة مع جامعات فلسطينية أخرى.